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全40集
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明朝中叶，东南沿海倭寇猖獗。胡俞戚率军抗倭，却因粮草不周，大军陷入困境。江南总督许慎有心相助，却被告知浙江藩司仓廪尽空，无粮周济。与此同时，浙江布政使刘兆良却在深夜起运了百万担漕粮、漕银。刘兆良自以为行事周密，料不知，暗地里早有不同的人在跟踪监视。而此时，地处偏僻的汇泽县也爆出一桩大案，汇泽侯府五十万两白银神秘被盗，县太爷闻讯急传女牢狱卒铁飞花前往勘验。铁飞花是臬司府捕头铁苍龙之女，天资聪慧，精通医术，自创一套依据痕迹描摹现场的查案方法，并能通过脉相和经络判断人言语的真伪。铁飞花受命赶到汇泽侯府勘察，不料，却遭到侯府管家的奚落，铁飞花一怒之下命丫鬟柳儿掌掴管家以示惩戒，铁飞花的言行作派让众人乍舌……威风扫地的侯府管家带领铁飞花勘察了银库和侯府四境。十五日后，刘兆良趁六十寿诞携眷潜逃。七十万石漕粮也在途中神秘失踪。杭州知府赵鸿道称刘兆良向杭州府征税是奉了圣旨。经核查，圣旨竟是假冒的……为百姓免遭重征赋税之苦，铁苍龙恳请陈清明下令追查漕粮、漕银下落。陈清明要等候亲差到来处置，并阻止铁苍龙私下查案。
在将事情的经过加以陈述后，铁飞花信心满满的声言，盗贼已然查出，是内贼所为，众人闻听均感差异……按察司陈清明不查漕案却与浙江巡按御史道宁中则联名上奏纠劾藩司违制之举。一时间，江南众官员人人自危。为了百姓， 铁苍龙求自己的好友老迷糊帮他搜集线索。侯府盗案告破，铁飞花却意外发现了一具兵士的尸体，她推断名兵士的身份为漕船上的兵士，并主动请命将尸体送往杭州禀报上宪。
铁飞花精准的判断，得到总督府参正知事吕中的赞赏，并暗示她有望成为一名真正的捕快。遇到了伯乐铁飞花欣喜不已，孰不知吕中正是漕案的幕后操控者……赵鸿道请铁苍龙前去勘验护送漕粮的兵士尸体，却遭到吕中派去的死士的狙击，随着漕案的调查展开，铁苍龙感到漕案复杂。铁飞花还在满心憧憬着她的捕快生涯时，料不知，危险已悄然临近……吕中命属下虞风带人在途中拦劫铁苍龙，延误他前往查验尸体；再由另一名属下欧阳蛟潜入府衙刑房毁尸灭迹。当铁苍龙赶到刑房时，兵士尸体的面目已被毁坏无法辨认了。吕中和赵鸿道认为线索已断，铁飞花不顾父亲的阻拦，道出自己的看法：断言刘兆良有同谋，毁尸即是破绽，听完铁飞花的推断分析，吕中惊惧不已，也由此更坚定了他灭杀铁氏父女打算……老迷糊无意中得到刘兆良参与谋反的信札，不料，却被一直跟踪他的快意堂好汉劫走。吕中发现可藉机要挟刘兆良的书信丢失，唯恐落入铁飞花手中。便设计掌控铁飞花。铁飞花无意卷入漕案，并想介入案件的调查，铁苍龙深感案情庞杂，不想铁飞花卷入，送她出城返回汇泽，铁飞花也隐隐感到漕案另有隐情，临行前嘱咐爹爹要万分小心……吕中别有图谋，借口铁飞花办案方式神奇，又在泽汇县屡破陈案积案，向许慎举荐铁飞花参与漕案的勘察。
谋反书信之事，让铁苍龙怀疑胁迫刘兆良的人就是吕中，却苦于证据已失，陷于骑虎难下之势。为保全无意卷入的铁飞花，只得同意老迷糊继续偷盗，造成普通盗案的假象，使吕中不加怀疑。铁飞花失望地返回汇泽，汇泽县令却接到总督手谕，许慎接受吕中的举荐，特铨铁飞花为臬司衙门捕快，追查刘兆良与漕粮、漕银的下落。漕粮丢失为百姓平添疾苦，途中所见所闻让铁飞花感到追回漕粮势在必得。大树之上落下一具兵士的尸体，让铁飞花大感意外，在勘验的过程中，尸体却死而复活。陈清明以令律条款为由，拒不接纳铁飞花，许慎一改平素的慎独善忍，怒斥陈清明拖延查案，居心叵测，大堂之上改任铁飞花为总督府捕房捕快。在铁飞花欣喜自己的梦想得以实现时，衙门上下对她的各种猜忌也随之接踵而来……铁飞花在捕房见到了捕头装束的杨小檐，原来他正是那日在路道上试她们的小兵。
铁飞花因得罪了总督府捕房捕头司徒寿而无法领牌当差，便和柳儿请命即刻前往南京追查刘兆良下落，各方人马闻讯，也都派出手下赶往南京。称刘兆良在南京原是一计，铁飞花途中与汇泽县两名捕快更换装束，请二人去南京代为查找线索，自已却带柳儿潜回杭州暗查。总督府捕头司徒寿表面不动声色，却早已派弟子暗中查访。大弟子查实刘兆良的藏身之处，奔回杭州复命。擦身而过间，铁飞花发觉他的装束、神色有异，便尾随他找到了司徒寿……虽然铁飞花曾出言顶撞过司徒寿，但老辣的司徒寿恰恰由此试探出她在总督府没有根基、背景，愿意与她合作共查漕案。铁飞花依司徒寿之托请总督手谕调派弓兵。谁料她们行动已被吕中查得一清二楚。吕中下令剪除司徒寿，斩断线索；暗杀铁苍龙，扰乱铁飞花心智，令其无法追查下去。铁飞花调弓兵，遇各衙门迁延未果，突然醒悟如此大动举措会走露风声，急忙去追司徒寿。老迷糊告诉铁苍龙，快意堂抢走书信，目的是要挟他盗取明泽侯的免死铁券，否则就要将他“飞天神盗”的身份公之于众。谈话间，有杀手前来行刺，被两人联手击退。司徒寿被杀手围攻，身负重伤，铁飞花和柳儿赶到，杀退了杀手。根据欧阳蛟的描述，吕中断定铁苍龙与飞天神盗有关联，于是，一个新的圈套开始布局。司徒寿告诉铁飞花，刘兆良在吉安求邵道人庇护，身边死士众多。漕案背后有无数双眼睛在盯着。她们正要起身前往吉安，埋伏在两侧的弓弩手同时发射，司徒寿背心中箭，临死前将自己的腰牌交给铁飞花，让她到吉祥客栈找刘升……
正准备沿着线索追查漕案的铁飞花，被杨小檐告知，司狱司让她返回杭州捉拿“飞天神盗”，铁飞花只得听从司狱的安排，在谈话间，铁飞花无意间又发现了新的疑点和线索……深谙官场的杨小檐提醒铁飞花官场之中要处处留神小心，大人们的脸是说变就变的。铁飞花感其好意，对杨小檐也顿生好感……捕快仇九向陈清明禀报，“飞天神盗”将在当夜子时于一条挂有红带的渔船上分赃，陈清明命铁苍龙实施抓捕。铁苍龙情知有诈，却只能缄口领命。铁苍龙告诉女儿真正的“飞天神盗”就是她的三师父老迷糊，渔船捉拿盗贼是个圈套。并说出对吕中的怀疑，铁飞花却认为吕中为人坦荡，可能被人陷害，倒是司狱的言行颇值得怀疑。于是，父女二人定下一计……码头上，铁飞花刚一上船便遭一黑影袭击，柳儿出剑刺中对方跌落江中，衙门捕快们证实，那个黑影正是铁苍龙，柳儿失手轼主，已吓傻了。铁飞花刀逼着杨小檐带她去找下令的司狱。
等他们赶到，已是人去屋空。铁飞花怒斥杨小檐故意拖延时间，愤然离去……总督许慎将司狱的亲信全部下狱，严刑拷打。捕快马六托人传信给铁飞花，说他知道司狱的下落。铁飞花到牢中查验，见马六所说具是实情，便答应劫他出狱。总督府师爷温印泉闻知铁飞花劫狱，大惊，传令各衙门派兵缉拿。杨小檐也受命追捕缉拿铁飞花……铁飞花带着马六逃出城外，被各衙的官兵、捕快团团围住，马六未及说出司狱下落便中箭身亡。铁飞花不敢杀人，只想夺路逃走。恰逢九洲侯的钦差仪仗经过，随行的钦差副使都察院左都御史方谨却看出被围捕的女子只想夺路并不想伤人，猜想必有隐情。杨小檐现身与铁飞花过招，佯装落败，暗中助她突出重围，不料，被受命迎接钦差的许慎长公子许亦非窥破端倪。九侯爷见这一群人都抓不住一个女的，丢了朝廷的颜面，下令停止追捕。铁飞花在杨小檐的帮助下潜回杭州，铁府已被官兵搜查，一片狼藉。铁飞花循着老迷糊留下的暗记找到了老迷糊和柳儿。老迷糊称已盗得明泽侯铁券，只是快意堂的人却不知去向了。
铁飞花问起邵道人的事，老迷糊正搜肠乱肚地讲述着，小院已被陈清明率人包围。老迷糊凭绝世轻功逃走，铁飞花束手就擒，要求面见钦差。面对铁飞花的申诉，九侯爷懒心淡肠。他命人先将铁飞花收监，等铁苍龙尸体打捞起来，再确定铁飞花是否有弑父之罪。尽管九候爷断案南辕北辙，副钦差都察院左都御使方谨也不便当众驳他的面子，只得先将铁飞花下狱。方谨忧心漕案，便寅夜去了总督府。九侯爷也没闲着，带了杂役燕七去牢里打算夜审铁飞花，没想到反被铁飞花挟为人质。铁飞花带柳儿闯出杭州城，前往吉安找刘升查访刘兆良。各路人马也都尾随赶来。一路上，铁飞花她们遭遇重重危机，但每次都会有一个神秘人物在暗中为她们解围……方谨查到南直隶兵备道一支百余人的队伍凭空失踪，编练这支兵马的兵备道道员也在数日前因病亡故，若要查实那支队伍是否就是护漕兵士，必须抓获刘兆良。陈清明向方谨建议，停止对铁飞花的追捕，由她寻找刘兆良。
当铁飞花赶到吉祥客栈时，见到的却是刘升的尸体。掌柜一口指认她是杀人凶手，铁飞花再次遭到追捕。刘升的线索已断，铁飞花决定去三才宫找邵道人。而此时，邵道人正在安排刘兆良与家眷转移……方谨将许慎保奏的官员名单呈递九侯爷，九侯爷与许慎的大公子许亦非素有交情，便做了个顺水人情，着快马传送京师等候圣裁。戴罪履职的杭州知府赵鸿道为将功补过，加倍征收秋粮秋赋，杭州数县的百姓苦不堪言。许亦非带着九侯爷到听雨楼初识柳丝丝。九侯爷本就是贪图美色的人，对柳丝丝的才貌垂涎不已，柳丝丝的身份本就是倭寇的间谍，巴不得能攀上九侯爷这样的大人物。三才宫里，邵道人向众人布置刺杀行动的细节，看门人来报说故人任轻烟的女儿求见。铁飞花把老迷糊讲的任轻烟与邵道人的往事熟记于心，与掌持应对得滴水不露。
在暗处观察的邵道人本已相信了她，却因柳儿急切的态度又心生疑窦，命掌持先带她们去杭州行刺，试探真伪。当初，铁飞花与父亲制定的计谋就是铁苍龙诈死在暗中保护女儿暗查漕粮线索，而铁飞花则明查，敲山震虎迫使对手先动露出破绽，不料，铁苍龙的行踪被高旗、欧阳蛟发现，他们设计沿途截杀诱捕铁苍龙。铁飞花识破了掌持的缓兵之计，追踪邵道长而去。几度交手，斗智斗勇，铁飞花略胜一筹，将邵道人迫入石屋。邵道人终不肯背信弃义出卖曾有恩于三才宫的刘兆良。铁飞花苦苦规劝，漕案关系民生疾苦，晓之以理动之以情，终于令邵道人顿悟，悔过，当铁飞花追问刘兆良下落时，邵道人却已自断经脉身亡，终未透露刘兆良的藏身之处。找不到刘兆良，漕案就无从查起，铁飞花柳儿触景生情，想到老爷是死在自己手中就又绝望起来，铁飞花只得告诉他铁苍龙是诈死。柳儿却反问，那为何小姐危难之时都未见老爷出手相救呢？经她一说，铁飞花也发觉不对。此时的铁苍龙确实已落入欧阳蛟手中，欧阳蛟以此胁迫铁飞花，于三日后在臬司府宴席上完成一项任务，并把柳儿和铁苍龙扣作人质，完成任务就放人。无奈下，铁飞花只好答应。欧阳蛟告诉铁飞花：宴席之上会有人通知铁飞花如何作为，这件事只要她做了，无论成败，都会放人。铁飞花虽然明白这是一个圈套，但，为了父亲和柳儿的安危着想，也只好依从，一个关系到铁飞花生死清白的选择，摆在了她的面前……
