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大明中期，程朱理学兴盛，礼教苛严，女子地位地下，贵族女子不得抛头露面，即使生病，也要谨遵男女有别，以致于隐疾难治，而女子从医则更是容易被世人议论为“三姑六婆”，名声不雅。明英宗朱祁镇继为皇位，孙太后辅政，英宗年少荒诞，亲信东厂太监头目曹吉祥，孙太后以此为由迟迟不肯归政。徐侍郎家大摆寿筵为太夫人贺寿，实则是以贺寿为由为徐家公子挑选儿媳，各家小姐争相展现才艺，安和郡主汪美麟才艺出众，赢得众人喝彩，只有杭允贤一人不为所动。代父送礼的允贤被徐府院子里的一株药草铁皮石斛吸引，在采摘药草的时候，婢女紫苏被陌生男子挟持，允贤发现对方身中剧毒，性命垂危，不但不计前嫌，反而施以援手，将铁皮石斛赠给对方解毒。原来这名陌生男子是铖王朱祁玉，孙太后想将铖王立为新君，曹吉祥唯恐东厂地位因此受到撼动，遂背着皇上派人追杀铖王。东厂的人闯入徐府搜捕，混乱中，徐太夫人突然中风，众人皆手足无措，唯有通于医理的允贤镇定施救，施针放血，及时救回徐太夫人的性命。汪美麟在其父汪国公的授意下假装晕倒避人耳目，随后偷偷找到铖王，将其藏在自己的轿中带出徐府。救了人受到众人高度赞扬的允贤回到家却招来父亲的一顿家法，因允贤违反了“族人不得从医”的家训——谭家祖上为御医，却因被奸人陷害而遭遇灭顶之灾，允贤的爷爷为了庇护家人上吊自杀，以此谢罪，允贤的哥哥也在逃亡的途中不治丧命。谭家从此改名换姓，换为杭姓，允贤的父亲也因此入军职，以期立下军功早日晋升，在朝堂上为家族洗清冤屈。虽有家训如此，但允贤天资聪颖且热衷学医，允贤的奶奶亦不忍谭家医学自此失传，遂默许允贤自幼随其学习医理。
奶奶得知允贤不但在俆府擅自施针救人，还给徐太夫人开了药方，奶奶让允贤背药方，发现允贤用药有所偏差，急忙示意紫苏到徐府，让徐府换掉药方，好在徐府早已采用新药方，允贤得以逃过一难。虽然并未铸成大错，但允贤还是为徐太夫人的病许久未好利索而感到自责。允贤到永庆庵祈福，教庵内尼姑以燕子窝和油帮人治恶疮，住持静慈师太见其妙手仁心邀其内坛进香。于家夫人小产，于大人虽与夫人情深意重，但却拘泥于男女有别而不肯为其夫人请男大夫看诊，于夫人的婢女遂来到永庆庵求救，得知前来进香的允贤懂医理便求允贤随她去救人，允贤不仅医者仁心，且十分敬重于大人的官品为人，欲前往救人，但又碍于父亲的训诫不敢贸然行事，纠结不已。这时，突然出现在庵内的纨绔公子元宝，却毅然决定出手相助，鼓动允贤同其驾马车前往于家救人。允贤一开始并不信任元宝为人，且碍于规矩礼节有所犹豫，静慈师太说服两人一同前往。见元宝一路嬉戏调笑，允贤点了他的麻经，元宝生气之下让随从停下马车，好似忘了要去救人，允贤愤而下了马车，打算徒步去救人。允贤用一番正义之辞指责元宝，被允贤的善良和正义打动的元宝更加坚定了去救人的决心，强行将允贤扛上马车。允贤为于夫人施针止血之后，开出药方，两袖清风的于大人因为其中的一味药材“阿胶”颇为昂贵而苦恼，见此情形，元宝随手给出一个金元宝让其解燃眉之急，而刚直不阿的于大人却一昧拘于旧礼，不但不受反而要开门送客。元宝、允贤同于大人这个“老顽固”据理力争，最终说服了于大人接受二人的帮助。 返回的途中，元宝为于大人受到孙太后最宠幸的太监压制打击而打抱不平，允贤误以为元宝是因犯了事而得罪了孙太后，建议元宝去请求汪国公这样的太后亲信去为其说情，元宝听了却异常愤怒。此时的允贤并不知道眼前的这个纨绔公子元宝就是那个世人眼中荒唐的皇帝，更不明白元宝心中对于太后的不满和厌恶。
救完于夫人，允贤同郑齐乘马车返回永庆庵，途中允贤的一番“劝解之辞”竟意外惹怒郑齐，郑齐不顾允贤弃马车而去，允贤只好打定主意自己架马车回去，不料马却突然受惊失控，允贤陷入险境，正巧路过的祁钰出手相助，蹿上马背，抱住马脖子，用手蒙住马的眼睛，使马镇静下来，助允贤脱离了险境。允贤欲谢救命之恩，祁钰却率先发现自己救的正是当日赠药草相助的善良女子，允贤也从祁钰手中的那株“铁皮石斛”记起当日情形。二人正巧都要前往永庆庵遂同行，允贤发现祁钰碰到伤口，于是将自己的丝帕赠予祁钰擦拭伤口。祁钰临时改变行程，与允贤别过，得知允贤姓“杭”，推测允贤是杭将军的女儿，并从丝帕上知道允贤名中有一“贤”字。祁钰拾到允贤摔坏的玉簪，问了随从京城中最好的珠宝铺子，打算送去修理或仿制。于大人携于夫人到访杭府，欲谢允贤救命之恩，允贤本担心于大人向父亲言明她再次私自行医救人的事实，非常紧张，但于大人此次竟比当日豁达开明得多，不仅帮允贤隐瞒了真相，还向杭父坦言想要认允贤为义女的意向，杭父应允，于杭两家自此结为通家之好。于夫人请允贤到于府做客，并将允贤以义女身份介绍给其闺阁好友，得知允贤懂得岐黄之术，众夫人小姐竟一番讥讽，但允贤心思聪颖，不仅不生气，反而巧用美容养颜的“七白膏”化解了尴尬，并答应给各位夫人小姐制作七白膏相赠。祁钰派小厮给允贤送回玉簪和丝帕，紫苏见此情形拿允贤与那位朱祁钰朱公子打趣，见祁钰如此赤诚，允贤也不免芳心萌动。太后私下见祁钰，并示明欲立他为新君的意图，而祁钰却感念于与皇兄朱祁镇的情谊以及恪守为人臣子的本分断然拒绝，太后因此大为恼怒，当即命人对祁钰施加了一顿皮肉之苦。
郕王的耿直与坚持终于激怒了太后，她一气之下派人将郕王关了起来。 一旁的汪美麟见此情形心痛不已，万分焦急之下意欲去向太后求情。然而老谋深算的汪国公却拦住了她的去路。为了女儿的皇后之位更为了汪家的富贵前程，在他看来，此时关一关郕王并非不是一件好事。此时，这一切纷乱的幕后黑手王振虽在永庆庵门前扑了空，未能如愿捕获本应前往与英宗会面的郕王。但是贼心不死的他可不会就此罢手，满面的阴毒笑容都透露着他欲将这池夺嫡之水搅得更浑的心思另一边的允贤也平白遭遇了一场小祸。只说这一日，紫苏忽然慌慌张张地跑来向允贤报告徐侍郎上门为儿子提亲的消息。震惊的允贤急忙赶到正厅，毫不犹豫便拒绝了徐大人的请求，感到脸面大失的徐侍郎勃然大怒。甩手便走的徐侍郎立刻点燃了杭纲心中的一腔怒火，他毫不留情地便将所有愤怒通通发泄在了女儿身上。委屈的允贤望着对她永远只有责骂而无理解的父亲，终于难过地流下了泪水。几日后，允贤便在义母家中偶遇了徐侍郎夫人。出乎她意料的是，善解人意的徐夫人非但没有怪罪她那日的拒婚之事，反而大大地安慰了她一番。难以推却盛情，也是在自己行医救人的小小愿望推动之下，允贤又暂时忘却了奶奶的叮嘱，为咳嗽不止的徐夫人开下了一剂甘草干姜水。让允贤没有想到的是，这无心之下的善举却为自己招来了一桩大祸。半月之后的一天深夜，杭府大门忽然被人拍得震天响，而闯门的竟是带着火把家丁的徐侍郎。甫一见面，徐侍郎便厉声指责允贤害死了自己的夫人。这晴天霹雳般的消息瞬时让在场的所有人惊呆了。被震怒击昏了头脑的杭纲狠狠地扇了允贤一个巴掌，他真的不懂自己这个女儿为何如此不守妇道，时时都要惹是生非。其实年幼允贤的无心之失始终折磨着杭纲的心，那份怨恨与不甘随着时间的推移日日累积，已经彻底侵占了他的心。这一瞬间，允贤才终于意识到原来父亲竟是怨恨自己到了如此地步，她终于读懂了父亲十几年来对自己始终冷漠严酷的原因。父亲一声声的指责让允贤的心跌入了暗无天日的谷底，她只能徒劳地辩解着，维护着自己的清白，却还是难以逃离父亲的质疑和即将面临的牢狱之灾。与徐侍郎对簿于公堂之上的允贤这才知道，那一日自己盛情难却之下写下的药方却已被徐侍郎当作了状告自己白纸黑字的铁证。而徐老夫人的误诊更是被旧事重提，作为了自己不懂医术胡乱害人的证据。百口莫辩的允贤只得等待太医院下派的进一步诊断而在此之前，她只得以娇弱的女子之身投入肮脏的监牢之中，等待审判。也许整个杭家作梦也未能想到，这一次太医院中派下参与断案的官员竟正是当年谭家血案的罪魁祸首——程十三之侄程村霞。虽然并不知晓允贤与谭家的关联，但一向对女医偏见极深的程十三还是对侄儿下令，要他狠狠制裁犯案的女子。
牢狱之中，众多犯人都身患疾病而无从医治，善良的允贤虽然身陷囹圄自身难保，仍然忍不住为她们把脉诊病。小马子借送饭的契机向还在软禁中的郕王传递消息，郕王得知允贤的遭遇，坚信允贤一定是蒙冤入狱，并派小马子带着他的玉佩去刑部找他的旧识，传话一定要查明事情真相，尽力还允贤清白。皇上发现郕王没有如约去永庆庵，怀疑又是王振在其中动了手脚，王振否认，皇上遂派人去寻找郕王下落。允贤托狱卒去家里拿药，好为狱中的病人治病，狱卒收了允贤的东西却言而无信，不但没有给允贤送药，反而讥笑允贤身为大家闺秀却即将公堂受审。莽撞的宫女冲撞了王振，王振的手下正要重罚宫女，却被路过的钱皇后看见并阻挠，王振仗着皇上对他的信任与依赖，即便对待皇后也是怠慢轻视，而贤淑的钱皇后对时常挑唆皇上的王振也多有不满但又无可奈何。允贤在狱中医治的大姐突然昏死过去，允贤以为自己拼尽全力救人却仍然于是无补，正伤心不已，狱中送饭的罗大娘将一桶冷水浇到已经昏死过去的病人身上，允贤疑惑不解，罗大娘又叫允贤就地取材制药给病人服用，这以指甲、蚯蚓等看似污秽之物制成的药，给病人服用之后竟大有成效，允贤心中大为惊异，原来罗大娘竟是一名药婆，允贤想向罗大娘学习看病救人的本事 ，罗大娘见允贤心地善且立志成为一名女医，一口气教给允贤不少实用的治病“土”方。郕王以答应考虑太后的安排作为交换条件请求母亲吴太妃对允贤施以援手。公审时，允贤请求传唤徐夫人的侍女询问，得知徐夫人此前早因身子不舒服而服用过惠民药局的万大夫万宁开的药，二人开的药一个滋阴，一个振阳，这两批药会否相冲呢？下了公审之后，太医院的村霞将公审情形说与叔叔即太医院陈院判分析，二人发现，徐夫人的死与允贤其实并无多大干系，而恰恰要归咎于惠明药局的万宁，但这个万宁是由陈院判亲自推荐到惠民药局的，如今归罪于他就是砸了自己的招牌，于是，为了保住自己的声誉，陈院判决心包庇万宁，而不准侄子村霞在公堂之上为允贤说话。
允贤在狱中继续向罗大娘学习治病救人的知识。皇上因找不到祁钰而心情郁闷，到宫外喝得酩酊大醉，正要回宫之时，遇见来城隍庙为允贤祈福的紫苏，得知允贤因替人诊病而入狱。开庭再审时，徐夫人婢女突然不承认是徐夫人自己未说清病症，一口咬定允贤明知徐夫人全部病情还是开错了药方。还好有王夫人出面为允贤作证，说明徐夫人当日确实没有向允贤提及腹泻之事，可太医院村霞不但不说明实情，反而在公堂之上暗指允贤没有问清楚病人全部病症及之前用过什么药就随意开药方才让徐夫人白白丧命，允贤还是难逃被判有罪的命运。山穷水尽之时，王振突然出现在顺天府，言语中好像与允贤相识，并说自己吃了允贤的药几十年的老毛病都好了。村霞慑于王振的威望有所松口，说允贤不是大夫，“开错药”的事尚且算情有可原，徐侍郎亦不敢不给王振面子，改口称其夫人是死于自己胡乱吃药，与允贤无关，并为自己告错了人向允贤赔礼道歉。在王振的帮助下，允贤被当庭释放。可允贤一介闺阁小姐，怎么会和王振这个东厂头目扯上关系呢？杭纲也因此心存疑虑且大为懊恼，生怕朝廷中人因此而怀疑他与东厂来往密切。至于王夫人之所以出庭为允贤作证则是因为听了允贤的建议，认真找大夫换了方子吃药后，怀上了身孕，遂对允贤心存感激，为其出庭作证。村霞在公审之上是非不分恶意陷害允贤的事被其师父知道后，其师命他长跪反省——是要与其叔父程十三长袖善舞，还是继续跟随师父努力磨炼，踏实学医。太后得知王振公堂之上欺辱命官，责怪钱皇后对皇上劝谏失责。而受了王振的气颜面扫地的徐侍郎竟将怒气撒到了与允贤关系密切却又身份卑微的罗大娘身上，将其一顿乱棍打死，允贤到罗大娘坟前祭拜，认为自己真是天生不祥之人，当初因为自己受了小人教唆无意害了谭家，使祖父蒙冤，哥哥丧命，如今又因徐夫人的事牵连了罗大娘致其惨死，允贤悲痛不已。
祁钰为了与皇上取得联系，生出妙计——让汪美麟代他宫绦传信。允贤因为罗大娘惨死的事茶饭不思，终日将自己关在房间念经祈祷。皇上再次出宫希望见允贤一面，又从紫苏口中得知允贤因罗大娘惨死的事悲伤不已，因而为允贤打抱不平并大骂徐侍郎，紫苏联想到上次就是这位“郑公子”请动王振为允贤公堂之上说情，问郑齐是不是看上了她家小姐，郑齐虽嘲笑紫苏自作多情，却又不禁反问自己是否真的喜欢那个“臭丫头”。皇上得信后派人救出祁钰，祁钰不解为何上次他回京之时，皇上与太后尚且母慈子孝，如今却势同水火，皇上遂向祁钰道出，孙太后曾经为了夺子继而当上皇后不惜下毒害死了他的生母的真相，但皇上念及太后对他的养育之恩，原本打算息事宁人，等亲政后放她入冷宫养老，可如今太后竟欲夺权篡位，皇上再也无法视若无睹。撇开烦心事，皇上转而想到祁钰让汪美麟代他“宫绦传信”的事，误以为祁钰对汪美麟有情义，祁钰急忙否认，情急之下道出自己早有心上人。皇上追问祁钰的心上人是哪家“美女”，还要为祁钰做主促成姻缘，皇上并没有想到，祁钰的心上人正是他口中那个多管闲事的“臭丫头”。祁钰再次劝谏太后放弃扶立新君的念头，说此等夺权篡位的事终是难逃百姓史官的悠悠之口，也请太后念及皇上的一片孝心，认清王振等奸人的挑拨，太后亦决定重新考虑此事。静慈师太写信到杭家请允贤到永庆庵做客，可为何静慈师太的一封信就能让杭纲放女儿出家门呢？允贤只知静慈师太与皇室大有渊源，父亲当是对师太颇为敬畏。而静慈师太之所以请允贤前来，是想让允贤为庵中收留的难民们治病，可此时的允贤还未能走出自己“治死过人”以及间接牵连罗大娘惨死的阴影，崩溃痛哭。就在这时，郑齐又出现在永庆庵，对允贤一顿当头棒喝，才让允贤打开心结，重拾信心，为庵内难民医治伤病。次日，允贤为了此事向郑齐当面道谢，二人谈及朝政，允贤暗指当今皇上昏庸，郑齐遂将女子行医治病贬作青楼女子亦嫌弃的职业，一对冤家又不欢而散。
郑齐知道自己口不择言得罪了允贤，又不知道该怎样向允贤赔礼道歉，于是托静慈师太将一套银针转交给允贤，银针可以帮助允贤给庵内的病人治病，郑齐希望能借此让允贤心里舒畅些。允贤听静慈师太说起郑齐自幼失去生母，其母是一个同允贤一样懂得许多医术的女子，因此郑齐对允贤格外有一种亲近感，允贤顿时觉得他与郑齐都自幼丧母也算同病相怜。为了给郑齐回礼，允贤亲自做了桂花蜜送给郑齐，郑齐高兴不已。黄河发大水，二十四县受灾，灾情严重。因为发大水而流离失所的灾民来到永庆庵请求静慈师太收留，静慈师太将他们收留庵中，一部分灾民身体不适，允贤见他们的病症多为眼窝深陷，腹泻呕吐，秽物还如同水一样，初步诊断这些灾民是感染了霍乱。霍乱是大疫，静慈师太将情况传递给有关部门希望得到更加妥善的应对。太医院亦快速判断出流民中霍乱病症横行，并果断将大量流民集中到太医院进行诊治。京城百姓得知城中流民感染霍乱，都到药铺疯抢治泻肚子的药材。顺天府的人为了片面安抚城中百姓，竟下令关城门，阻止流民进入城中避难，允贤义父于东洋于大人极力阻挠，但亦无济于事，关键时刻，皇上赶到现场，当众杀死滥杀百姓的官兵，下令开城门迎接百姓，并命于东洋统筹治理黄河水灾。惠民药局的人到永庆庵帮忙，万宁见允贤给病人治病的法子有违寻常医理，遂与允贤辩论，辩论之余，万宁认出紫苏曾将他带到公堂之上使他遭受非议，而允贤虽然已做男儿打扮，亦惊惧万宁识出自己，幸好静慈师太及时出面打断二人的谈话，但事情并没有就此结束。
朝堂之上，几个小官“供认”黄河毁堤之事确是受太后指使，太后反驳，说皇上让几个鸡毛小官诬陷于她，于是皇上命人将范弘——这个太后最倚重的太监带上殿来，并将范弘认罪画押的供纸放到太后面前，太后无可辩驳，但范弘大喊自己是屈打成招，后气绝，死前喊冤，百官也心存疑虑，但仍有众多官员支持皇上。皇上通过“毁堤事件”几乎扳倒太后，拿回玉玺，到永庆庵向静慈师太“报喜”，并带来大量医治霍乱的药材，但静慈师太一眼就看出皇上此行还另有心思。郑齐正与允贤聊天，小厮前来报告其夫人得知他前往重疫区，心急如焚，催他回去，允贤因此而知道郑齐已经成婚。万宁对允贤怀有偏见，故意道出允贤的女子身份，灾民因此而误解允贤，不但不感激允贤的救命之恩，反而将她指作医婆，大加唾弃，不愿再让允贤医治，允贤百口莫辩。而这时来路不明的“朝鲜商人”（瓦剌人）却愿意让允贤医治，但惠民药局的人却针对允贤不肯给让允贤抓药，无奈之下，允贤就地取材制成偏方，竟真的治好了“朝鲜商人”。灾民知悉此事，又一窝蜂地去请允贤为他们诊病，允贤面对大起大落，不骄不躁，说惠民药局的大夫医术高明，也一定能治好大家的病，于是一半灾民又自动分流到惠民药局的大夫们那边去，这些大夫们也因此对允贤有所改观。允贤煎药时扇子着了火，差点烧到自己，万宁及时提醒允贤当心，并为自己曾经误解针对允贤道歉，还虚心向允贤讨教治病“偏方”，二人自此化干戈为玉帛。祁钰受皇上诏令运送粮食进京赈灾，并临时调整计划率先送粮食到永庆庵救急。听说永庆庵外有一位公子正在分发粮食，紫苏和允贤以为是郑齐又来输送物资，遂跑去看看热闹，到了之后，才发现原来这次来的是朱公子朱祁钰，祁钰见允贤戴着他送的珠花，心内欢喜。祁钰与允贤约定再见，并将自己的随身香包赠送给允贤。面对祁钰和郑齐两个人分别赠送的香包，允贤将郑齐送的香包收进了柜子，而将祁钰的香包拿在手中，少女情怀悸动着。
杭纲听说了“活观音”的事，担心允贤名誉受损，赶到永庆庵将允贤带回家中，不许她再出家门，允贤因上次顺天府公堂受审的的事情已经闺誉受损，这次在永庆庵医治霍乱，被灾民美誉为“活观音”的事又闹得沸沸扬扬，杭纲唯恐太后因此将目光放到允贤身上，继而察觉杭家的真实背景。允贤被父亲关进绣楼，不得出闺房半步，祁钰不得已“夜访”杭府，潜入允贤闺阁，祁钰并非苟且猥琐之辈，只因母亲吴太妃意外感染霍乱后连日治疗仍不见效，祁钰遂想“夜请”允贤到其家中为母亲诊病。返回时，二人同乘马车，第一次互诉衷肠。允贤回到家中，正巧被父亲发现彻夜外出，女子彻夜未归是有失名节的大事，杭纲一怒之下将允贤关入地牢，不给饭食。祁钰得知允贤因他而被父亲重罚，隐藏身份到杭府，向杭纲解释允贤昨晚是受王公公邀请进宫为贵人医治急症，杭纲这才将允贤放出地牢。杭纲见允贤缕出纰漏，担心允贤名节再受损，决心将允贤嫁出去。奶奶与允贤谈话，说允贤既受陌生男子邀请去其家中彻夜方归，那么该男子若是重情重义就应三媒六聘迎娶允贤，方可为允贤保住名节。放心不下允贤，来允贤家中探听情况的祁钰，在窗外听到奶奶对允贤说的一番话，遂向允贤示明心意，称同意奶奶的说法，愿意三书六聘娶允贤为妻，允贤若是同意，就将“红巾”挂到绣楼外让他看见。祁钰与祈镇商议，太后既有意扶他为新君，他便不好再与皇上过分亲近，当着外人最好刻意保持距离，假装不和，而实际上却相互帮衬。
